Durch Pflanzenexperimente mit Godzilla-Zellen mutiert durch einen Zwischenfall eine riesige Monsterpflanze: BIOLANTE. GODZILLA wird von Terroristen aus dem Vulkan befreit.
Er muss sich nun dem Kampf gegen die übermächtige Mutation stellen. Gleichzeitig versuchen die Menschen, auch ihn wieder zu vertreiben.