Auf der Suche nach Mechagodzilla wird ein U-Boot plötzlich vom Titanosaurus attackiert. Außerirdische wollen die Erde benutzen um eine neue Zivilisation zu gründen.
Sie manipulieren Tiere und wollen den Mechagodzilla zum unbesiegbaren Koloss machen. Godzilla stellt sich Titanosaurus und Mechagodzilla in den Weg. Aber es wartet noch ein schlimmerer Gegner auf ihn: der Cyborg...