Ein riesiger Meteorit schlägt auf der Erde ein, mitten im Pazifik. Ein Umweltplanungsbüro, das vor allem mit der Zerstörung der Umwelt beschäftigt ist, schickt eine Expertengruppe auf eine der im Katastrophengebiet liegenden Inseln, um die Vorkommnisse vor Ort zu untersuchen
Man entdeckt ein riesiges Ei und lernt zwei kleine weibliche Erdgeister kennen, die sich Cosmas nennen. Diese feenartigen Wesen erklären, dass dies das Ei Mothras wäre und warnen die Menschheit vor weiterer Umweltvernichtung, da Mothra über die Erde wache. Man beschließt, das Ei nach Japan zu schaffen, angeblich, weil man dort besser darauf aufpassen könne.
Doch der Boss der Gesellschaft will nur Geld mit dieser Attraktion verdienen. Auch Godzilla wurde von dem Meteoriten geweckt und stapft gerade durchs Meer, da tuckert der Schlepper mit dem Ei vorbei. Als das Amphibienmonster sich ihm wutschnaubend nähert, zerbirst die Schale, die Raupe Mothra kriecht heraus und verschwindet schnell im Wasser des Ozeans.
Als ihre beiden Freundinnen, die Cosmas, kurz darauf entführt werden, macht sich Mothra auf den Weg nach Tokio und hinterlässt eine Spur der Zerstörung. Es dauert einige zeit, bis das Militär begreift, dass Mothra nichts Böses im Sinn hat, sondern im Grunde die Menschheit nur vor dem bösen Godzilla schützen will.