Auf einer Insel werden zu Forschungszwecken mutierte Saurier gehalten. Unter ihnen GODZILLA mit seinem Jungen. Eines Tages überwinden die Tiere die elektrischen Zäune und brechen aus. Raumschiffkapitän Yamabe stellt fest, daß die Bewohner der Insel und die Saurier per implantierter Minisender ferngesteuert werden. Drahtzieher sind die Bewohner des Planeten Kilaak.
Die Aliens senden ihre eigenen Monster und ein bewaffnetes UFO zur Erde. Eine fürchterliche Schlacht beginnt und als alles verloren scheint, schlagen sich GODZILLA und seine Artgenossen auf die Seite der Menschen...