Red und Blue, die Stars von Gunstar Future Heroes, müssen erneut dafür sorgen, dass ein sehr mächtiger Stein nicht in die Hände eines finsteren Imperiums fällt, das den Gott des Ruins wiedererwecken will.

Beide Charaktere bestreiten dasselbe Abenteuer, allerdings auf verschiedenen Wegen, und die Story passt sich dabei dem gewählten Schwierigkeitsgrad an, so dass sie insgesamt sechs unterschiedliche Verläufe nehmen kann.

Der Spieler bezwingt mit Schnellfeuer, Maschinenpistolen, Laser und Sprengstoff sechs originelle Level und stellt sich gewaltigen Endgegnern, die den gesamten GBA-Bildschirm einnehmen.