Die Eiszeit geht zu Ende. Unsere Helden kehren zurück in ein schmelzendes Paradies aus Wasserparks, Geysiren und Teergruben. Manny das Mammut, Sid das Faultier und Diego der Säbelzahntiger stellen voller Entsetzen fest, dass die schmelzenden Gletscher ihr Tal bald überfluten werden.

Der Spieler übernimmt zunächst die Rolle von Scrat, dem absoluten Publikumsliebling aus dem ersten Ice Age Film, und begleitet seine "großen Freunde" bei ihrer Reise durch gefährliche Landschaften, um alle Tiere in Sicherheit zu bringen.

Dabei gräbt, schwimmt, schnüffelt, wirbelt und wälzt sich Scrat auf seiner nie enden wollenden Jagd nach Eicheln durch die Geschichte. Durch seine aufgeregten Streifzüge wird Scrat unabsichtlich zum Helden und hilft, das Land vor der großen Flut zu bewahren.