In Teenage Mutant Ninja Turtles 3: Mutant Nightmare stehen die vier Helden mit dem Rückenpanzer einem gänzlich neuen Gegner gegenüber. Ein gigantischer Planetoid nähert sich der Erde - Heimat der Triceraton, einer technologisch ebenso fortschrittlichen wie jähzornigen Rasse.

Die Triceraton sind auf der Suche nach der Macht der Teleportation und versuchen zu diesem Zweck Professor Honeycutt zu rekrutieren, einen alten Bekannten der Turtles. Professor Honeycutt verließ seinerzeit die Erde, um auf dem Planeten Utrom ein friedlicheres Leben zu führen. Doch die anrückenden Triceraton wollen nicht glauben, dass er auf der Erde nicht mehr zu finden ist und beginnen eine regelrechte Invasion, um den Wissenschaftler aufzustöbern.