Die Spieler dürfen als Schweinchen Wilbur oder Ratte Templeton Aufgaben meistern und dabei vier faszinierende, aus der Film- und Buchvorlage bekannte Welten erforschen: darunter Zuckermans Scheune, den Schrottplatz, die ländliche Umgebung und einen Jahrmarkt. Auf ihrem Weg treffen die Spieler auf unvergessliche Charaktere wie Wilburs beste Freundin und Vertraute Charlotte, die ihren Spinnen-Nachwuchs vermisst, und daher seine Hilfe benötigt, und Gans Gussy, die ihre Gänseküken sucht.

Die Versionen für Game Boy Advance und DS bieten viele zusätzliche Minispiele, die in den verschiedenen Leveln versteckt sind. Diese Minispiele, wie beispielsweise Ringewerfen und Autoscooter, sollen kinderleicht von der Hand gehen - und geben dem Spieler zusammen mit noch vielen anderen immer wieder neuen Anlass, in die Welt von Schweinchen Wilbur und seinen Freunden zurückzukehren.