In einer Jahrtausende entfernten, von Kriegen heimgesuchten Zukunft ist die Menschheitsentwicklung so weit fortgeschritten, dass Massen von neuen Waffen und Technologien drohen, die Grenzen des menschlichen Körpers endgültig zu verwischen. In diesem Nachfolger versucht der Spieler, Kontrolle über den ursprünglichen Zohar zu erlangen, seine Geheimnisse zu lüften und die Gefahr durch das mysteriöse Alienvolk der Gnosis zu bannen. Manche glauben, der Zohar sei ein Instrument zur Erlangung grenzenloser Macht. Andere meinen, er werde dazu dienen, die Rätsel der Vergangenheit zu lösen und die Welt vor der Gefahr durch die Gnosis zu retten. Mit über 100 verschiedenen Fähigkeiten erlaubt Xenosaga Episode II eine noch umfassendere persönliche Entwicklung der Charaktere. Zudem bietet das Kampfsystem jetzt Kombinationsattacken, ein verbessertes Turbosystem, Doppelangriffe als Team und ein Zonen-Angriffs-/Brechen-System, das zahlreiche Feindbegegnungen und Kämpfe ermöglicht, die es zu meistern gilt.