Der sympathische Riesenaffe Kong hat sich in Susan, die flotte amerikanische Krankenschwester des UN-Atom-U-Bootes "Explorer" verliebt.
Doch ihre Romanze wird zerstört, als Kong von dem verrückten Wissenschaftler Dr. Who an den Nordpol entführt wird. Dort soll der Affe radioaktives "Element X" aus dem ewigen Eis fördern. Doch Kong kann flüchten. Aber jetzt ist ihm Mechanikong, der gigantische Affen-Roboter von Dr. Who auf den Fersen.
So kommt es zum unausweichlichen Kampf der ungleichen Affenbrüder auf dem Tokyo Tower.