Basierend auf der populären Warner Bros. Zeichentrick-Serie für Kinder, schickt Xiaolin Showdown die Spieler auf einen action-reichen Weg, das magische und mit übernatürlichen Kräften ausgestattete Artefakt Shen Gong Wu zu suchen und zu schützen. Dafür schlüpfen sie in die Rolle eines von insgesamt sechs Charakteren wie etwa Omi, Kimiko, Raimundo oder Clay und führen ihren jungen Kämpfer auf eine weitläufige Reise, um das mystische Objekt, das seinem Besitzer gewaltige Kräfte verleiht, zu finden.