Die Schülerinnen Hikaru, Umi und Fuu schwören sich unter dem Wunschbaum ihrer Schule ewige Treue. Aber durch den Wechsel aufs Gymnasium und familiäre Umstände werden sie nun getrennt. Doch Mokona, ein merkwürdiges Wesen. Hat ihren ruf erhört und erfüllt ihnen einen Wunsch.
Magische Kräfte aus der Parallelwelt Cephiro drohen, die Erde zu zerstören und von da an hängt das Überleben des Planeten von den drei Freundinnen ab. Um gegen die böse Zauberkraft aus Cephiro gewappnet zu sein, müssen die Auserwählten Mokonas die in ihnen schlummernden, geistigen Tiere erwecken, denn nur so können sie ihre Aufgabe erfüllen. Doch warum will Cephiro eigentlich die Erde zerstören? Und was hat es mit der mit diesem Land verbundenen Legend von Rayearth auf sich?