Als Agent Kay (Tommy Lee Jones) vor einigen Jahren die Geheimorganisation der Men in Black verließ, wurde sein Gedächtnis getreu den Vorschriften "geblitzdingst". Inzwischen lebt der ehemals wackerste und smarteste Alien-Bekämpfer der Welt als Postbote in einem kleinen Kaff in Massachusetts.
Sein ehemaliger Partner Jay (Will Smith) ist derweil zum neuen Top-Agenten der MIB aufgestiegen. Doch der Kampf gegen die Extraterrestren macht ihm ohne den guten alten Kay keinen rechten Spaß mehr.

Eines Tages jedoch taucht ein neues, besonders diabolisches Alien auf. In Gestalt des verführerischen Dessous-Models Serleena (Lara Flynn Boyle) will es die Erde unterjochen.
Nur Kay könnte das außerirdische Biest aufhalten - wenn er sich doch bloß an seine frühere Existenz erinnern könnte! Agent Jay macht sich deshalb auf, seinen alten Freund zu reaktivieren. Und dann stürzen sich die beiden in ein bizarres Abenteuer, das seinesgleichen sucht ...