Nur wenige wissen, daß die Erde schon seit den 50er Jahren von Außerirdischen bevölkert wird. Um diese zu kontrollieren, gibt es die "Men in Black", Spezialagenten, die je nach Situation die Aliens jagen, fangen und im Notfall auch eliminieren.
Als ein intergalaktisches Kakerlaken-Monstrum in Gestalt eines Farmers sich anschickt, in New York die Weltherrschaft an sich zu reißen, dürfen Veteran "K" und sein neuer Rekrut "J" - das beste Duo, das die "MIB"-Abteilung zu bieten hat - nach Herzenslust auf Alienjagd gehen.