In Pokémon Mystery Dungeon: Wie Team Blau und Team Rot wachst du in einer Welt auf, die nur von Pokémon bewohnt wird. Auch du selbst bist ein Pokémon, ohne dass du weisst, wie du dorthin gekommen bist, oder wie du wieder ein Mensch werden kannst. Deine Aufgabe wird es sein, Pokémon zu befreien, die in gefährlichen Verliesen gefangen sind, welche jedes Mal neu und zufällig wezwugt werden (du wirst also nie zwei Mal das gleiche Verlies spielen), wobei du dich in rundenbasierten Kämpfen gegen wilde Pokémon zu Wehr setzt. In Pokémon Mystery Dungeon kannst du auf eine völlig neue Art mit anderen Spielern auf der ganzen Welt Kontakt aufnehmen. Also such dir dein bestes Rescue Team zusammen und entdecke dein Leben als Pokémon!