Sonics steter Widersacher, Shadow the Hedgehog, wird von seiner mysteriösen, düsteren Vergangenheit eingeholt - ganz auf sich gestellt begibt er sich auf die Suche nach seiner wahren Identität. Die einzige Hoffnung besteht darin, die sieben Chaos-Smaragde zu beschaffen um die Geheimnisse seiner Vergangenheit zu lüften und seinem künftigen Schicksal näher zu kommen.

Der Planet steht unter dem bedrohlichen Angriff einer bösen, ausserirdischen Macht. Der Fortbestand von Westopolis steht auf Messers Schneide und die staatlichen Truppen kämpfen so ziemlich gegen Jeden, dem sie nicht vertrauen.

Dr. Eggmans böse Pläne mit den Smaragden einerseits und Sonic und seine Gang auf der Anderen, stellen Shadow vor die Entscheidung sich auf eine Seite zu schlagen... viel Zeit bleibt nicht - die Uhr tickt!