Alarm im Raumfahrt-Komplex: Terroristen haben das hoch geheime Gebäude gekapert. Die Regierung entsendet ein Sondereinsatz-Kommando, doch dann durchdringt ein seltsames Funksignal den Äther und kappt den Kontakt. Letzte Bilder der Überwachungskamera zeigen ein Bild des Grauens: Das Team ist buchstäblich zerfetzt worden. Was ist passiert?

Dieser Frage geht der Spieler nach. Als Mitglied der Eliteeinheit "First Encounter Assault and Recon" (F.E.A.R.) ist er ein lebender, atmender Hightech-Krieger, ausgestattet mit überirdischen Reflexen und leistungsfähigen Schusswaffen. Schon bald steht er maskierten Kämpfern gegenüber. Die greifen frontal und im Verborgenen an, bilden Rudel, nutzen den Schatten als Tarnung.