Als er mit seinem Raumschiff in einen elektro-magnetischen Sturm gerät, wird der Astronaut Leo Davidson (MARK WAHLBERG) quer durchs All geschleudert und muss auf einem unbekannten Planeten notlanden. Mit zerstörtem Shuttle, ohne Waffen und Ausrüstung entdeckt Davidson, dass er sich in einer Welt befindet, die von Affen beherrscht wird - und in der Menschen als Sklaven gehalten werden.
Schon bald wird er gefangen genommen, und nur der Menschenrechtlerin Ari (HELENA BONHAM CARTER), einer Schimpansin, ist es zu verdanken, dass er nicht vom grausamen General Thade (TIM ROTH) getötet wird. Gemeinsam fliehen sie in die verbotene Zone Calima, verfolgt von Thade und dessen blutrünstiger Primaten-Armee.
Dort macht Davidson eine Entdeckung, die nicht nur ihm, sondern auch Ari die Augen über die wahre Entstehungsgeschichte des "Planeten der Affen" öffnet. Grund genug für Thade, einen letzten Vernichtungsfeldzug gegen die Menschen zu beginnen...