Pokémon-Trainer Ash Ketchum und seine Freunde wollen das geheimnisvolle Tal der Reinheit durchqueren. In dem Tal leben auf einer geheimen Insel das sagenumwobene Pokémon Mewtu mit seinem Volk geklonter Pokémons. Auf seiner Reise trifft Ash die junge Domino.
Sie stellt sich als Spionin das Teams Rocket heraus. Das Team Rocket versucht Mewtu gefangen zu nehmen und über seine Kräfte die Weltherrschaft zu erlangen. Doch Ash und seine Freunde lassen mit dem Volk geklonter Pokémons nichts unversucht, diese Pläne zu durchkreuzen.