Für Ash, Pikachu und die anderen Freunde beginnt eines der aufregendsten Abenteuer ihres Lebens, als sie dem seltenen und geheimnisumwitterten Pokemon Celebi im Wald begegnen. Denn Celebi besitzt die besondere Fähigkeit, zwischen den Zeiten zu reisen. Mit Hilfe spezieller Pokebälle, der "Dark Balls", verwandelt dieser die Pokemon in teuflische Kreaturen. Als Celebi gefangen genommen wird, hängt von seiner Rettung das Schicksal des ganzen Waldes ab. Die letzte Hoffnung ruht nun auf Suicune, einem mysteriösen Pokemon, das mit Ash, Pikachu und den anderen gegen das Böse kämpft...