Einige Jahre nachdem die Katastrophe auf Dinosaur Planet gerade noch abgewendet werden konnte, erfährt Lylat Central Command von einer neuen Bedrohung, die sich über das gesamte Sonnensystem ausbreitet. Das Star Fox-Team wird losgeschickt, um sich dem neuen Feind entgegenzustellen. Aber was als Standardkampfmission beginnt, nimmt schnell eine dramatische Wendung.

Die altbekannten Teammitglieder Fox McCloud, Slippy Toad, Peppy Hare und Falco Lombardi schließen sich mit einigen neuen Gesichtern zusammen und bilden das beeindruckendste Team in der Geschichte dieser gefeierten Serie: die Star Fox-Armada!