Dr. Evil ist aus den Weiten des Weltalls zurückgekehrt und hat sich mit einer Zeitmaschine in die späten 60er Jahre zurücktransportieren lassen, wo es ihm gelungen ist, dem eingefrorenen Austin Powers die Libido zu stehlen.
Seiner Männlichkeit und Antriebsfeder beraubt, kehrt der Austin der 90er in die Sixties zurück. Gemeinsam mit der CIA-Agentin Felicity Shagwell macht er Jagd auf Dr. Evil und seine Schergen.