Sir Topham Hatt hat Harold, den Hubschrauber, beauftragt, den verschwundenen James zu suchen. Nachdem der Standort von James entdeckt wurde, machen sich unsere kleinen Computer-Ingenieure auf, um zusammen mit Thomas, der possierlichen Lokomotive den verunglückten James zu retten.

Dabei sind zahlreiche gefährliche Situationen zu meistern und knifflige Aufgaben zu lösen. Immer hilfreich zur Seite stehen Thomas Freunde, Cranky, Toby und Percy. Die im Spiel enthaltenen verschiedenen Lokomotiven sind bunt und liebevoll animiert. Durch den steigenden Schwierigkeitsgrad und die "Belohnung" durch die Ausstellung von Urkunden ist Langzeitmotivation garantiert.