Mit dem Flugplaner ist eine professionelle automatische oder manuelle Routenplanung über Funkfeuer, Luftstraßen und selbst definierte Wegpunkte möglich. Nordatlantik- und Pazifik-Routen können ebenso eingefügt werden wie SID's und STAR's. Die Flugpläne können im Format des FSX sowie für PMDG, Radar Contact, Sqawk Box, IVAO und LevelD abgespeichert werden.

In der Moving Map kan der eigene Flugweg mitverfolgt werden. Alle für die Navigation notwendigen Informationen wie Wegpunkte, Airports, Lufträume, MSA, Küstenlinien, Grenzen, große Gewässer und Städte werden in der Karte dargestellt. AI-Flugzeuge sind mit Angaben zu Rufzeichen, Kurs, Höhe, Geschwindigkeit sowie Start- und Zielflughafen zu sehen. Die Airport-Vorschau zeigt das komplette Layout des gewünschten Flughafens mit Runways, Taxiways und Parkpositionen.

Der FlightSim Commander ist auch unentbehrlich für alle Online-Piloten. Es können sowohl die Luftraumstruktur der Online-Netzwerke IVAO und VATSIM mit den aktuell besetzten Controllerstationen (Center, Tower, Approach, Ground, Delivery) als auch die zur Zeit aktiven Online-Flugzeuge mit detaillierten Positionsangaben angezeigt werden.

Während des Fluges werden im Cockpit in einem separaten GPS-Fenster die Routeninformationen, Wetterdaten im METAR-Format und Angaben zum Zielflughafen angezeigt. Die ILS-Frequenzen können einfach per Mausklick in den NAV-Empfänger übernommen werden.

Die Datenbank des FlightSim Commander X kann über den kostenpflichtigen Internetdienst "Navigraph" monatlich aktualisiert werden.

Der FlightSim Commander X kann auf einem separaten PC über ein Netzwerk genutzt werden. Hierzu ist das Programm "WideFS" erforderlich, dass nicht mit im Lieferumfang enthalten ist.