Scooby-Doo und seine Freunde in einem brandneuen Abenteuer: Absolut elektrisierende Ereignisse erwarten die Clique, als sie mittels Laser in ein high-tech Computerspiel gebeamt wird. Als Scooby und der Rest der Bande versuchen, einen Phantom-Virus zu fangen, werden sie versehendlich in ein Videospiel transportiert, das auf ihren eigenen Abenteuern mit der "Mystery Inc." basiert.
Nun müssen sie durch die zehn gefährlichen Spielstufen reisen. Dabei gelangen sie von der prähistorischen Vergangenheit in das Weltraum-Zeitalter der Zukunft.
Am Ende treffen die Fünf sogar auf eine haarsträubende Horde von Schurken aus ihren berühmtesten Fällen. Können sie auch die letzte Stufe bestehen und damit aus ihrem virtuellen Gefängnis entkommen?