Schock! Panik! Flucht! Angst! Zwei Jahre ist es her, seit das berühmte Detektivbüro Mystery Inc. geschlossen wurde, weil die Superschnüffler sich heillos zerstritten hatten. Jetzt werden Scooby-Doo und seine cleveren Ex-Partner Fred, Daphne, Shaggy und Velma einzeln und unabhängig voneinander engagiert, um in dem ultra-angesagten Ferienclub Spooky Island gewisse übernatürliche Vorfälle zu klären.

Der Besitzer von Spooky Island, Emile Mondavarious, fürchtet nämlich, dass es in seinem besonders bei Studenten ungeheuer beliebten Ferienclub tatsächlich spukt, und er setzt alles daran, die immer noch eingeschnappten Detektive wieder zu versöhnen, damit sie das unheimliche Rätsel lösen, bevor die College-Gäste vor Angst die Flucht ergreifen.

Scooby und seine Kumpel müssen sich wohl oder übel wieder zusammenraufen, um diesen Fall zu knacken - denn all ihre Erfahrung mit vorgetäuschten Gespenstern und falschen Monstern nützen ihnen hier gar nichts: Diesmal müssen sie ihre eigene Haut retten - und vielleicht sogar... die ganze Welt!