Nach seinem Kampf gegen einen Feuer speienden Drachen und den bösen Lord Farquaad hatte Shrek es geschafft: Er rettete die schöne Prinzessin Fiona und für beide gab es ein Happy End. Nun aber muss sich Shrek der größten Herausforderung von allem stellen: der eigenen Verwandtschaft. Denn als Shrek und Fiona aus ihren Flitterwochen zurückkehren, finden sie einen Brief von Fionas Eltern:
Die laden ihre Tochter samt Anhang an den königlichen Hof ins Land Weit Weit Weg ein. Die Eltern freuen sich auf das Wiedersehen mit ihrer Tochter nebst Gatten - aber niemand hat sie auf den Anblick ihres neuen Schwiegersohns vorbereitet, und erst recht nicht darauf, wie sehr sich ihre hübsche Tochter... nun... verändert hat.

Shrek und Fiona haben keine Ahnung, dass ihre Hochzeit alle Zukunftspläne ihres Vaters vereitelt hatten - Pläne für Fiona? und für sich selbst. Nun ist der König gezwungen, die Dienste der mächtigen Guten Fee, des gutaussehenden Prinz Charming und des berühmt-berüchtigten Oger-Killers, dem Gestiefelten Kater, zu bemühen, um seine Version eines Happy Ends herbeizuführen.

Und so sorgen dunkle Geheimnisse am Königshof, ein Komplott und eine ganze Reihe bekannter Märchenhelden dafür, dass Shrek, sein geschwätziger Freund Esel und Prinzessin Fiona plötzlich mitten drin sind in einem neuen aufregenden Abenteuer.