Die Geschichte dreht sich um den frechen, aufgedrehten Ninja-Schüler Naruto Uzumaki, der stets nach Abenteuern und Anerkennung trachtet. In Japan wird Naruto wegen anhaltender Popularität mit Akira Toriyamas Dragon Ball Z verglichen. Auch in den USA und in Europa legten Manga und vor allem Anime einen sehr erfolgreichen Start hin. Naruto-Videospiele sind in Japan bereits auf vielen Nintendo-Plattformen zu finden und erfreuen sich sehr großer Beliebtheit.

Naruto: Clash of Ninja bietet neben seiner nonstop Ninja-Action für bis zu vier Spieler auch die Möglichkeit, sich einen aus 23 spielbaren Charakteren auszuwählen: Naruto, Sasuke, Sakura und die anderen Probe-Ninjas wachsen über ihre eigenen Kräfte hinaus um gegen neue Gegner und auch untereinander anzutreten. Mehr als 14 verschiedene Spielmodi stehen zur Verfügung. Darunter Time Attack, Training, ein Story- und ein Shopping-Modus sowie eine freischaltbare CPU Demo in der verschiedene computergesteuerte Charaktere gegeneinander antreten. Die vielen verschiedenen Charaktere verfügen über individuelle Spezialattacken, die auch in den zahlreichen Multiplayer-Modi eingesetzt werden können.