Eine unerklärliche Erscheinung nähert sich der Erde. Zuerst zerstört sie 3 Klingonenschiffe, woraufhin sich das einzig verfügbare Raumschiff, die USS Enterprise 1701 unter dem Kommando von Admiral James T. Kirk direkt aus dem Raumdock auf den Weg macht, um das Phänomen, das die Form einer immens großen Wolke zu haben scheint, aufzuhalten und zu untersuchen.
Bei der Wolke angelangt, kann die Enterprise es allerdings nicht mit den Kräften der Erscheinung aufnehmen und entgeht nur knapp der Zerstörung. Um dem Geheimnis des Phänomens auf die Spur zu kommen, muss Spock das Raumschiff verlassen und ins Zentrum der Wolke fliegen.
Hier findet er den eigentlichen Ursprung der Erscheinung und gemeinsam können Kirk und er das Geheimnis lösen und die Gefahr für die Erde in letzter Sekunde noch abwehren.