Im 23. Jahrhundert: Das Föderationsraumschiff U.S.S. Enterprise befindet sich auf eine Routine-Manöver. Admiral Kirk scheint bedrückt, da diese Inspektion wahrscheinlich die letzte seiner Laufbahn sein wird. Doch Khan ist zurückgekehrt:
Unterstützt von einer Gruppe verbannter Mutanten hat er die Weltraumstation Regula One überfallen, die Top-Secret-Vorrichtung namens Projekt Genesis gestohlen und die Kontrolle eines Föderationsraumschiffs an sich gerissen. Nun plant Khan eine tödliche Falle für seinen alten Feind Kirk und droht dem gesamten Universum mit dem Untergang!