'Stargate Atlantis' knüpft an die letzte Episode der siebten Staffel von 'Stargate Kommando SG-1' an. Das Team um Jack O'Neill hat unter dem Eis der Antarktis einen verlassenen Außenposten der Antiker entdeckt - und eine Sternentor-Adresse in deren Heimatgalaxie Pegasus. Dr. Elizabeth Weir, die den Fans der Serie bereits bekannt ist, führt eine Expedition dorthin an und entdeckt die verlorene Stadt der Antiker: Atlantis!
Doch die Energie zur Erzeugung eines Wurmlochs zu einer so weit entfernten Galaxie reicht nur für die Hinreise. So machen sich Dr. Weir und ihre Begleiter daran, die Pegasus-Galaxie zu erforschen. Dabei könne sie nicht nur das dortige Sternentorsystem, sondern auch Raumschiffe und andere außerirdische Technologien nutzen, die sie auf Atlantis finden. In jeder Folge warten nun neue, aufregende Entdeckungen auf sie.

Epsioden 1 und 2: Aufbruch in eine neue Welt Dr. Elizabeth Weir, die Leiterin des neuen Projektes 'Stargate Atlantis', arbeitet mit Dr. Rodney McKay und Dr. Carson Be-ckett in einem geheimen Forschunbgslabor in der Antarktis an der Erforschung eines neuen Stargate, dass zur sagenumwo-benen Stadt 'Atlantis' führt. Einige der Wissenschaftler tragen offenbar das 'Antiker-Gen' in sich, das es ermöglicht, be-stimmte Dinge durch reine Gedankenkraft zu steuern. Dr. Be-ckett löst damit eine Waffe aus, die um ein Haar die sich im Anflug auf die Basis befindlichen General O'Neill und Major Shepard vom Himmel holt.
Dr. Daniel Jackson findet heraus, dass zur Stargateadresse von Atlantis acht und nicht wie üb-lich sieben Chevrons gehören und kann das achte Chevron auch ermitteln. Jetzt steht der Reise nach Atlantis nichts mehr im Weg. Auch Major Shepard entschließt sich, die Mission zu begleiten. Die militärische Leitung übernimmt Col. Marshall Sumner. In Atlantis angekommen stellt das Team bald fest, dass sich der Energielevel der Stadt rapide absenkt und damit auch der Schutzschild der Stadt schwächer wird, der sie gegen die sie umschließenden Wassermassen schützt.
Man be-schließt, ein Team durch das Stargate zu schicken und auf dem Planeten Athos nach neuen Energiequellen suchen zu las-sen. Die Athosianerin Teyla und die Bevölkerung sind den Be-suchern gegenüber zunächst skeptisch eingestellt, denn ihre Angst, dass durch die Ankunft der Fremden die Wraith auf den Plan gerufen werden, ist berechtigt. Die Wraith, die sich von der Lebensenergie von Menschen ernähren, überfallen den Planeten und nehmen Teyla, Col. Sumner und weitere Team-mitglieder gefangen. Major Shepard leitet eine Rettungsaktion ein, nachdem er in Atlantis sogenannte 'Puddle Jumper', Fluggeräte der Antiker, entdeckt hat, die sich - wenn man das Gen der Antiker besitzt - nur mit Gedankenkraft fliegen lassen. Die Athosianer werden inzwischen durch das Stargate nach Atlantis evakuiert, nach-dem sich die Stadt selbst an die Wasseroberfläche erhoben hat.
Die Rettungsaktion erweist sich als schwierig, da das Stargate des Planeten der Wraith von deren Schiffen streng bewacht wird ...

Episode 3: Dunkle Schatten
Verrückte Dinge geschehen in Atlantis: Energiequellen schal-ten sich an und aus, das Stargate wählt sich von selbst an und verängstigte Athosianer berichten, einen dunklen Schatten ge-sehen zu haben ... Auf der Suche nach zwei athosianischen Kindern, die sich beim Versteckspielen verirrt haben, stößt Major Shepard auf ein bis-lang unentdeckt gebliebenes Labor, in dem sich ein merkwür-diges Gerät befindet. Dieses entpuppt sich bald als Aufbewah-rungsort für ein seltsames Energiewesen, mit dem die Antiker offenbar experimentiert hatten. Da dieses Wesen jedem Gene-rator in Atlantis die Energie entziehen würde, soll es eingefan-gen und durch das Stargate auf einen anderen Planeten ge-bracht werden.
Dr. McKay, geschützt durch einen Energie-schild, spielt schließlich den Lockvogel, um das gefährliche Wesen los zu werden ...

Episode 4: 38 Minuten
Auf der Flucht vor den Wraith steuern die Sergeants Stackhou-se und Markham das orbitale Stargate des Wraith-Planeten an, doch ein Teil des Triebwerkes fährt nicht vollständig ein und das Raumschiff bleibt im Stargate stecken. An Bord befindet sich auch Major Shephard, der sich auf dem Planeten einen bösartigen Parasiten eingefangen hat.
Jeder Versuch, ihn zu entfernen oder zu töten, schlägt fehl. Teyla und Lt. Ford küm-mern sich um den Major, während Dr. McKay mit der Basis in Atlantis in Verbindung steht. Fieberhaft arbeiten dort die Ex-perten an einer Lösung, wie man das Triebwerk einfahren kann, denn wenn sich das Stargate nach 38 Minuten schließt, würde es das Schiff zerstören - und dies käme einem Todesur-teil für alle Insassen gleich. Da sich das Wesen an Shepards Hals scheinbar von dessen Energie ernährt, schlägt Dr. Beckett nach vielen fehlgeschla-genen Versuchen vor, Shepards Herz kurzzeitig zum Stillstand zu bringen um ihn sofort wiederzubeleben, nachdem das Wesen losgelassen hat ...