Das Team um Jack O'Neill hat unter dem Eis der Antarktis einen verlassenen Außenposten der Antiker entdeckt - und eine Sternentor-Adresse in deren Heimatgalaxie Pegasus. Dr. Elizabeth Weir, die den Fans der Serie bereits bekannt ist, führt eine Expedition dorthin an und entdeckt die verlorene Stadt der Antiker: Atlantis!

Doch die Energie zur Erzeugung eines Wurmlochs zu einer so weit entfernten Galaxie reicht nur für die Hinreise. So machen sich Dr. Weir und ihre Begleiter daran, die Pegasus-Galaxie zu erforschen. Dabei könne sie nicht nur das dortige Sternentorsystem, sondern auch Raumschiffe und andere außerirdische Technologien nutzen, die sie auf Atlantis finden. In jeder Folge warten nun neue, aufregende Entdeckungen auf sie.

Episode 5: Unter Verdacht
Nachdem das Atlantis-Team auf verschiedenen Missionen immer wieder auf die Wraith trifft, glaubt man an einen Verräter in den eigenen Reihen. Der Verdacht fällt auf die neuen Verbündeten - die Athosianer.

Episode 6: Selbstopfer
Sheppard und das Atlantis-Team besuchen einen Planeten, auf dem niemand älter als 24 Jahre zu sein scheint. Wie sich herausstellt, glauben die Bewohner des Planeten, mit rituellen Selbstmorden die von ihrer Heimat fernhalten zu können.

Episode 7: Tödliche Verteidigung
Das Atlantis-Team trifft auf das Volk der Hoffaner, die kurz vor einer bahnbrechenden Entdeckung stehen - ein geheimnisvolles Serum könnte sie immun gegen Angriffe der Wraith machen...

Episode 8: Zurück auf die Erde
McKays Bemühungen, die Energie aus der Atmosphäre eines fremden Planeten für einen Trip zur Erde nutzen, gelingen. Doch wird das Team auch in der Lage sein, wieder nach Atlantis zurückzukehren?