Episode 9: Im Untergrund
Da die Nahrungsvorräte in der Stadt langsam zur Neige gehen, ist das Atlantis-Team bemüht, mit einem scheinbar friedlichen Volk namens Genii in Handelsbeziehungen zu treten. Zunächst ist das Team um Dr. Weir nur etwas verwundert, als die Genii im Austausch für Nahrungsmittel ausgerechnet Sprengstoff verlangen - wird dieser tatsächlich nur benötigt, um kostbares Ackerland von lästigen Baumstümpfen zu befreien? Schon bald findet das Team heraus, dass die vermeintlichen neuen Partner keineswegs so harmlos sind, wie sie vorgeben ...

Epsiode 10: Der Sturm (Teil 1 von 2)
Als ein massiver Sturm sowohl die neue Siedlung der Athosianer auf dem Festland als auch Atlantis selbst bedroht, beschließt man, die Stadt und die Siedlung zu evakuieren und die Bewohner auf dem Planeten der Marianer in Sicherheit zu bringen. Während Dr. Weir, Sheppard und McKay in Atlantis bleiben und versuchen, die Stadt durch Errichtung eines Schutzschildes vor Eintreffen des Sturms doch noch zu retten, gelingt es einer Gruppe von Genii-Kämpfern, sich durch einen Trick Zugang zu Atlantis zu verschaffen. Als McKay und Dr. Weir als Geiseln genommen werden, kommt es zu einem tödlichen Duell ...

Episode 11: Das Auge (Teil 2 von 2)
Während der Sturm sich noch immer unaufhaltsam im Anzug auf Atlantis befindet, ist die Stadt vollständig unter die Kontrolle der Genii geraten, das Atlantis-Team wurde getrennt. Während Dr. Weir und McKay in Atlantis festgesetzt sind, ist Major Sheppard die Flucht gelungen. Verzweifelt versucht er, Dr. Weir und McKay aus den Händen der Genii zu befreien und gleichzeitig einen Weg zu finden, den Schutzschild von Atlantis zu aktivieren, bevor der Sturm die Stadt in aller Härte trifft ...

Episode 12: Der Überlebende
Sheppard und McKay gehen einem seltsamen Notruf nach, der sie auf einen unbekannten Planeten führt. Dort angekommen erkennen sie, dass der Notruf von einem notgelandeten Raumschiff stammt, das vor vielen Jahren von einer bewaffneten Antiker-Raumstation abgeschossen wurde. Die schlechte Nachricht für Sheppard und McKay: bei dem Signal handelt es sich um einen Wraith-Notruf, und schnell stellt sich heraus, dass einer der Außerirdischen noch immer am Leben ist und sich auf dem Planeten aufhält. Während Lt. Ford mit einem Team von Atlantis aus eilig zu einer Rettungsmission aufbricht, entspinnt sich zwischen dem ausgehungerten Wraith und den Atlantis-Teammitgliedern ein tödliches Katz-und-Maus-Spiel ...