Die Handlung von Genji 2 setzt übrigens drei Jahre nach Ende des ersten Teils ein: Der Heishi-Clan, der dank der Helden Minamoto-no-Yoshitsune und Musashibo Benkei im ersten Teil daran scheiterte, ganz Japan zu unterdrücken, erhebt sich erneut und hat auch diesmal wieder allerlei übernatürliches Getier dabei, um das Land in Angst und Schrecken zu versetzen. Das können die Genji, die sich diesmal von Yoshitsunes älterem Bruder in Sachen Strategie beraten lassen, natürlich nicht tatenlos mit ansehen.