Eigentlich fühlt sich Stuart Little in seiner Adoptivfamilie rundum wohl. Er darf in seinem eigenen kleinen Auto zur Schule fahren und hilft seinem Bruder George (Jonathan Lipnicki) beim Bauen von Modellflugzeugen. Auch seine kleine Schwester Martha macht ihm viel Freude, und selbst Kater Snowbell hat sich endlich mit der Tatsache abgefunden, dass er diesen besonderen Mäuserich nicht fressen darf. Dennoch sehnt sich Stuart nach einem Freund, der sich, im wahrsten Sinne des Wortes, auf seiner Augenhöhe befindet.

Dieser Wunsch scheint sich zu erfüllen, als er die kecke Vogeldame Margalo trifft. Sie ist auf der Flucht vor einem Falken, der in New York für seine Gefährlichkeit berüchtigt ist.Stuart setzt nun alles daran, seine neue Freundin in Sicherheit zu bringen und versteckt Margalo einfach bei sich zu Hause. Eine Zeit lang ist bei den Littles alles harmonisch und schön. Doch dann verschwindet Margalo plötzlich auf äußerst mysteriöse Weise.

Welches Geheimnis verbirgt die süße Vogeldame, dass sie für den hinterhältigen Falken so interressant ist? Stuart Little ist fest entschlossen, es herauszufinden und seine Margalo zu retten. Doch was kann ein kleiner Mäuserich im großen New York schon ausrichten? Alleine gar nichts! Deshalb muss ihn auch der widerwillige Kater Snowbell in dieses actionreiche Abenteuer begleiten. Und den beiden stehen in New York einige Abenteuer bevor...