World Championship Wettbewerbs, bietet der DS-Titel eine detailgetreue Simulation des Trading Card Game, bei der die Spieler unter Verwendung des Stylus ihre Kartendecks erstellen, organisieren und Duelle austragen. Jeder Aspekt des Trading Card Game wurde sorgfältig nachgebildet. Das DS-Spiel enthält alle 1600 der neuesten Karten, was noch mehr Attacken, Zaubersprüche und Verteidigungstechniken erlaubt.

Besitzer von Yu-Gi-Oh! GX Spirit Caller für DS sind zudem in der Lage, komplette Decks zwischen den beiden Spielen zu handeln und auszutauschen. Außerdem haben sie nach Beginn des Spiels Zugriff auf jede Karte in Yu-Gi-Oh! GX Spirit Caller über ein Karten-Menü des Spiels.

Yu-Gi-Oh! World Championship 2007 bietet eine Vielzahl von Duell-Möglichkeiten. Eine große Anzahl von Optionen erlaubt Einzelspieler-Duelle gegen eine Vielzahl von CPU-kontrollierten Gegnern, in so genannten Limitierten Duellen sind nur bestimmte Karten verfügbar, und in Survival Duellen lautet das Ziel, so lange wie möglich gegen eine Abfolge von Duellanten zu bestehen.

Das soziale Element des Trading Card Game wird zudem durch die Wireless- and Wi-Fi-Spielmöglichkeiten gesteigert. Dabei treten die User in Duellen gegen ihre Freunde oder Spieler von überall auf der Welt an.

Wireless-Partien sind möglich zwischen zwei Spielern, die je eine Kopie des Titels besitzen, während der Wi-Fi-Modus nahezu grenzenlose Duelle ermöglicht. Über diese Wireless-Optionen ist es auch möglich, Karten zu handeln und zu tauschen, wodurch die Spieler die Schlagkraft ihrer Decks erhöhen.

Yu-Gi-Oh! World Championship 2007 unterstützt das Nintendo Wi-Fi Voice Chat Feature, mit dessen Hilfe die Spieler sich vor jedem Duell unterhalten können. Im Einklang mit früheren Konami-Titeln enthält das Spiel drei limitierte, offizielle Yu-Gi-Oh! Karten für das Trading Card Game.