Shadow Hearts Covenant ist der Nachfolger des mehrfach ausgezeichneten Originals aus dem Jahr 2001. Die Story beginnt ein Jahr nach dem Ende von Teil 1: Yuri nimmt an einer neuen Expedition teil, die im ersten Weltkrieg spielt und in einer fantastischen Welt aus Magie und Kreaturen angesiedelt ist. Verflucht durch einen geheimen Kult, der sich den Krieg zunutze machen möchte, um seine eigenen bösartigen Bestrebungen voranzutreiben, sind Yuris Verwandlungsmöglichkeiten eingeschränkt. Yuri und seine Gefährten treten die lange Reise an, um ein passendes Heilmittel gegen den Fluch zu finden und den üblen Kult zu vernichten