Es ist langweilig im U-Bahnschacht der vier Super-Turtles; jeden Tag nur trainieren, aber nie passiert etwas. Kein Wunder, daß sich Frust breitmacht bei Leonardo, Raphael, Donatello und Michelangelo. Da kommen Aprils Geschenke vom Flohmarkt ganz recht - wenigstens eine kleine Abwechslung im tristen Untergrund-Alltag.
Doch Aprils Mitbringsel für Splinter, eine komische japanische Antiquität hat's in sich: Die antike Zeitmaschine reißt April ganz plötzlich aus dem Raum-Zeit Kontinuum des 20. Jahrhunderts und schleudert sie in's tiefste Japan - und zwar in das Jahr 1593! Das Abenteuer ist da - natürlich machen sich die vier Superhelden auf, ihr Mädchen zurückzuholen.
Doch so einfach ist das nicht, denn die Samurai des antiken Japan sind ganz andere Gegner als die Möchtegern-Fighter von New York. Und da ist noch ein Problem - Die Super-Kröten haben nur 60 Stunden Zeit, bis sich das Tor zwischen den Dimensionen wieder schließt...