"Bioshock" entführt den Spieler in eine vergessene Unterwasserstadt, die im Art-Deko-Stil der 20er und 30er Jahre eingerichtet ist. Aber nach einer Katastrophe halten sich dort nur noch irre Freaks auf. Der Spieler muss aus dem Unterwassergefängnis entkommen und dazu zahlreiche Aufgaben lösen. Wie schon bei "System Shock" kann er bei jedem Problem zwischen mehreren Lösungswegen wählen. Er kann Gegner frontal angreifen, sie mit Tricks aufeinander hetzen oder versuchen, sich an Kameras vorbeizuschleichen oder Terminals zu hacken. Dazu kann er seine Spielfigur mit verschiedenen genetischen Implantaten ausrüsten. Mehr als rohe Gewalt hilft meist das Köpfchen, denn der Munitionsvorrat ist immer äußerst knapp.