Nachdem sich der Spieler oder die Spielerin für das Geschlecht des Protagonisten entschieden hat, reisen sie zusammen auf eine weit entfernte Insel, um dort eine kleine Farm zu gründen. Jedoch ist der weise Baum, der die Insel beinahe sagenhaft fruchtbar gemacht hat, erkrankt. Es liegt in der Hand des Spielers, das Leben der Gegend durch geschickte Vieh- und Feldwirtschaft wieder auf Vordermann zu bringen. Tätigkeiten wie Fischen, Rasen mähen und Felder umpflügen werden dabei ganz intuitiv mit der Wii-Remote ausgeführt.

Trotz des auf den ersten Blick einfachen Spielprinzips, gibt es in Harvest Moon für Wii unendlich viele Dinge zu entdecken. So kann der Spieler zum Beispiel seine eigenen Tiere züchten, Haustiere halten, Nebenjobs im Dorf annehmen oder sich sogar verlieben und heiraten. Tag-, Nacht- und Jahreszeitenwechsel verstärken den Eindruck, in einer ganz eigenen Welt zu leben. Die Idee, einen eigentlichen Knochenjob in ein spannendes und lustiges Spiel einzubauen, geht auch bei Harvest Moon für Wii perfekt auf.