Für jede Mission müssen die Patapon mit einer Reihe von Gegenständen und Waffen ausgerüstet werden, um ihren Auftrag zu erfüllen. Es gibt mehr als hundert Gegenstände und Waffen, zwischen denen man wählen kann, von Schwertern bis hin zu Heißluftballons. In Patapon ist die ausgewogene Wahl der Mittel für jede Mission der Schlüssel zum Erfolg. Natürlich gilt es, auch den richtigen Ton zu treffen. Denn die Patapon reagieren nur auf den Rhythmus des Trommelschlags. Sollen sie etwas tun, muss der Befehl in Form des entsprechenden Rhythmus erteilt werden.