Eine uralter Clan, die lange als vergessen galt, hat sich wieder zusammengeschlossen um seine bösen Machenschaften voranzutreiben. Der Shirogane Clan will die verlorenen Magiesteine vereinen um den "mechanischen Horror" zu erwecken. Mit ihren Puppen-artigen Untertanen wollen sie das Land an sich reißen. Naruto und alle Bewohner seines Dorfes (Konohagakure = Dorf hinter den Blättern) sind aufgefordert dieses Vorhaben zu verhindern. Naruto stehen bekannte Ninjas des Mangas zur Seite, um ihn zu unterstützen.

Naruto Uzumaki Chronicles 2 ist ein Mix aus Kampfspiel und Adventure und basiert auf der japanischen Manga-Vorlage. Der Spieler verfolgt alleine oder im Team mit einem menschlichen Mitspieler das Hauptquest. Naruto Uzumaki Chronicles 2 bietet außerdem mehrere Nebenquests und einen Missionsmodus, durch die Naruto an weitere Gegenstände und Fähigkeiten kommt.