Im Jahre 2067 entscheidet sich Japan aus den Vereinten Nationen auszutreten. Durch geschlossene und stark bewachte Grenzen sowie einem magnetischen Schutzschild, der das Land selbst für Satelliten uneinsehbar macht, isoliert sich Japan vollständig vom Rest der Welt. 2077 erhält die NATO einen Bericht über eine neue Superwaffe der Japaner und deren Plan, damit die Welt zu erobern. Man entsendet die Spezialeinheit SWORD in das Landesinnere, doch deren Infiltrierung endet in einer Katastrophe. Nur Vexille, die Kommandantin des Teams, überlebt den Versuch und findet sich in einem Tokio wieder, dessen Bevölkerung im Gegensatz zur restlichen Welt im absoluten Überfluss zu leben scheint. Als Vexille von einem Trupp Rebellen aufgenommen wird, erfährt sie aber, dass dieser Eindruck trügerisch ist.