In "G.I. Joe" übernimmt der Spieler die Kontrolle über ein Eliteteam, um gegen die bösen Kräfte von COBRA zu kämpfen. Die Story setzt dort an, wo der kommende Kinofilm endet, und ermöglicht es den Spielern, die tollsten Filmmomente erneut zu erleben. Die Charaktere des Eliteteams verfügen über verschiedene, einzigartige Waffen, Fahrzeuge und Fähigkeiten.