Trotz schärfster Sicherheitsvorkehrungen gelingt es einer gut ausgebildeten Ninja-Kampftruppe aus dem nationalen Federal Research Institute, eine streng geheime Formel zu stehlen. Doch der Auftraggeber stellt schnell fest, dass die Formel unvollständig ist.

Die andere Hälfte befindet sich im Besitz von Professor Fulton, der mit seiner Tochter Nancy zurückgezogen in den Bergen lebt.
Die Polizei ermittelt fieberhaft, um diesen Überfall auf das bedeutende wissenschaftliche Labor aufzuklären. Anhand der Spuren am Tatort erkennt Leutnant Kevin sehr schnell, dass er es hier mit einer Ninja-Elitetruppe zu tun hat.

Jetzt kann ihm nur noch einer helfen, sein Freund Steve - der American Ninja.