Die Story schließt unmittelbar an das Nintendo DS-Spiel Another Code an. Das man allerdings nicht gespielt haben muss, um Another Code: R zu verstehen. Nachdem Ashley, die Hauptperson, im ersten Teil den Spuren ihres Vaters gefolgt ist, versucht sie nun den Tod ihrer Mutter aufzuklären. Die Menschen, denen Sie bei Ihrer Suche begegnet scheinen mehr zu wissen, als sie zugeben wollen. Another Code: R kombiniert eine gefühlvolle Beziehungsgeschichte mit einem packenden Mystery-Thriller.

Das Spiel wir vollständig mit der Wii-Fernbedienung gesteuert. Sowohl was die Interaktion mit den Charakteren und den Orten betrifft, mit denen Ashley es zu tun bekommt als auch was die Lösung der herausfordernden Rätsel angeht.