Ein abtrünniger Vulkanier namens Sybok (Laurence Luckinbill) entführt die Enterprise, um ins Zentrum des Universums vorzudringen, von wo bisher noch niemand zurückgekehrt ist. Sybok glaubt fest daran, dort den Schöpfer allen Lebens zu finden.
Kirk (William Shatner), Spock (Leonard Nimoy), McCoy (DeForest Kelley) und die restliche Crew der Enterprise sind gezwungen, Sybok und seine Anhänger auf der atemberaubenden Reise zu begleiten ...