Der junge Wissenschaftler Milo (Originalsprecher: Michael J. Fox) ist davon überzeugt: Die geheimnisvolle, versunkene Stadt Atlantis ist nicht bloß eine Legende - sie existiert wirklich! Auch wenn ihn alle für verrückt halten, taucht er ein in die Tiefen des Meeres, um dem Geheimnis von Atlantis auf die Spur zu kommen. Mit einer bunt gemischten Crew aus schrägen Typen, verlässlichen Experten und vermeintlichen Freunden begibt er sich auf eine gigantische U-Boot Expedition. Bei dieser waghalsigen Mission entdecken sie, was niemand jemals zuvor geahnt hat: Atlantis lebt! Tief unter dem Meer konnte sich unter Führung des atlantischen Königs und seiner Tochter Kida ein Teil der atemberaubenden Kultur erhalten. Doch Atlantis schwebt in großer Gefahr. Nur Prinzessin Kida und Milo sind jetzt in der Lage, die mystische Stadt vor ihrem endgültigen Untergang zu bewahren. Schon bald beginnt eine abenteuerliche Jagd nach dem Schlüssel zur lebenswichtigen Energiequelle - werden Milo und Kida Atlantis vor dem endgültigen Untergang bewahren?