Die Geschichte in Wario Land - The Shake Dimension führt den Spieler um die halbe Welt: Böse Piraten haben Wario einen großen Schatz geklaut. Der Spieler muss ihn nun durch 20 unterschiedliche und umfangreiche Welten führen, um das Gold zurück zu erobern.

Die Level sind wie die Charaktere in einem detailverliebten, gezeichneten Look gehalten. Sie erstrecken sich über abenteuerliche Dschungel bis hin zu glühend heißen Wüsten. Der Spieler nutzt dabei nicht nur die klassische Jump'n Run Steuerung mit Hilfe einer um 90 Grad gekippten Wii-Fernbedienung, sondern auch die eingebauten Bewegungs- und Schüttelsensoren.