Im Verlauf des Spiels durchquert der Spieler erstaunlich detaillierte Umgebungen in vier verschiedenen Klimazonen. Er muss mit computergesteuerten Spielern Kämpfe austragen und mit Personen aus neun verschiedenen Kulturkreisen wie die der Afrikaner, Azteken und Indianer interagieren. Jede Kultur hat ihre eigenen Wesenszüge und Charaktereigenschaften, einschließlich ihrer Vorlieben für die Platzierung ihres Königreichs und welche Art von Handel und Handelsgüter sie bevorzugen. Wenn der Spieler einen kritischen Punkt im Spiel erreicht hat und er die Versorgung der Bevölkerung nicht mehr gewährleisten kann, werden der Handel mit Gütern und Dienstleistungen zu einem wichtigen Faktor in ANNO 1503 Aufbruch in eine neue Welt.

Die unterschiedlichen Wirtschaftssysteme sind abhängig von den örtlichen Gegebenheiten, und es wird mit unterschiedlichen Waren von Waffen über Rohmaterialien, Kleidung und Nahrung bis hin zu exotischen Gütern wie Seide und Gewürze gehandelt. Handel kann auf verschiedene Arten betrieben werden - ein leicht zugängliches Handelsmenü erlaubt dem Spieler, mit anderen Völkern zu interagieren und Friedensverträge abzuschließen.

Doch einige Kulturkreise bevorzugen eine sehr offensive und aggressive Form der Interaktion, aus der möglicherweise Konflikte entstehen können...